Samanlı Dağları, batıda Armutlu Yarımadası’ndan başlayıp güneybatıdan Kocaeli il sınırlarına girer. Bu dağlar; doğu-batı doğrultusunda 130 km, güney-kuzey doğrultusunda 30 km uzunluktadır. Başiskele ilçesi, Samanlı Dağları’nın orta kesimini teşkil eder. İlçenin sınırları içinde bulunan diğer önemli dağlar; Naldöken Dağı 1125 m, Pamukova sınırındaki Ercuva Tepesi ise 1330 m yüksekliktedir. Körfezin güneyindeki bu dağların birinci sırası Hamza Dağı, Yuvacık sırtı, Bahçecik, Servetiye karşı sırtları, Binektaş mevkii üzerinden Yalova’ya hatta Armutlu yarımadasına kadar uzanır. Bu sırtların en yüksek noktası 821 m yükseklikteki Binektaşı civarıdır. İkinci sıradağlar ise, daha güneyde Bursa-İznik sınırındaki Menekşe Yaylası’ndan başlar. Buradaki Bayraktepe 1073 m yüksekliktedir. Bu sıradağlar Aytepe, Naldöken, Pamukova hatta Kartepe ve Sapanca ilçelerinde son bulur. Bu sıradağların en yüksek yerleşim yeri 900 m ile Servetiye’nin Aytepe Mahallesi’dir.

Güneyde Aytepe Dağları, Bıçkıdere’den doğan Soğukdere; batıda Çamurlu boğazından doğan sıcak dereler 200-300 m yükseklikte dar derin kayalıklı kanyonlardan akarak Servetiye Beşkayalar’da birleşir. Buradan itibaren Kirazdere (Kilezdere) ismini alır. Bu dere vadisi dar bir kanyondur. Kartepe eteklerinden doğan Serindere Irmağı da bir hayli uzun, dar bir kanyonla Yuvacık Barajı’na bağlanır. Yine güneyden gelen Parsık ve Kazandere ırmakları dar ve derin vadileri oluşturur.

İlçe merkezinin güneyinde Yuvacık sırtı, Maryolun Sırtı, Silmenin Sırtı, Tantaoğları Tepesi, Araboğları Tepesi ve Servetiye karşı, Mevlütçavuşun Tepe, Metinoğullları Sırtı ve Binektaşı’dır. Eski Yuvacık beldesinin doğusunda ise Hamza Dağı en yakın sırt ve yükseltileri teşkil eder.